우리 만화의 시작은 개화기인 1909년 신문, 잡지의 발행에서 비롯되어 목판화 방식의 제작방식으로 처음 등장하였다. 주요 소장품은 1909년 대한민보 신문 삽화, 1920년대 조선일보 안석주 삽화 등 일제 감정기 이후 한국 최초의 만화사료 등 2,688점을 소장하고 있다.

한국만화를 시사만화, 명랑만화, 스포츠만화, 순정만화 등으로 나누어서 대표 32명의 작가를 선정하여 작가들의 원화와 당시에 출간되었던 작가의 대표 단행본이 상설전시실에 전시되어 있으며 그 이외의 작품들은 수장고에서 만나볼 수 있다.

소장품의 훼손을 막기 위해 박물관에 소장중인 유물들을 디지털에 맞게 편집, 복원하여 복간하고, 디지털 아카이빙 서비스를 시작한다.

현재 책으로 만나볼 수 있는 복간한 단행본에는 오손이 도손이, 울 밑에 선 봉선이, 말광량이 합창단, 박김이 삼국지, 괴상한 지남철, 명견 루비, 꽁생원등이 있다.